Критика в адрес Лепешинской рассматривалась как антисоветская акция со всеми вытекающими последствиями. Это вполне уживалось с широко цитируемым утверждением Сталина: «Общепризнано, что никакая наука не может развиваться и преуспевать без борьбы мнений, без свободы критики» (Правда. 20 июня 1950 г.). Такое положение дел отнюдь не свидетельствовало о недостаточной действенности высказываний Сталина. Объяснялось это просто тем, что в то время многие фразы и слова воспринимались в перевернутом, инвертированном смысле. Борьба мнений понималась как борьба с мнением инакомыслящих. В программе по гистологии и эмбриологии Минздрава СССР от 1953 г. имеется пункт «Значение свободных дискуссий для дальнейшего развития советской биологии и медицины (сессия ВАСХНИЛ, объединенная сессия Академии наук СССР и Академии медицинских наук СССР)». Возврат к воззрениям первой половины прошлого века назывался борьбой за передовую науку. Признание передачи по наследству приобретенных свойств, подменявшее дарвинизм ламаркизмом, считалось развитием творческого дарвинизма. Сталинабадская газета, обрушиваясь на Ю. Я. Керкиса, изгнанного Лысенко из Института генетики АН СССР и вынужденного с семьей искать средства к существованию в таджикской глубинке, обвиняла его в «полной беспринципности» из-за его нежелания признать свои морганистские ошибки. Малодушное же отречение ученого под влиянием насилия от своих убеждений, если он не был предназначен к полному сокрушению, объявляли честным, мужественным поступком и т. д.
Вскоре после майской сессии Лепешинской последовали организационные выводы, обрушившиеся в первую очередь на цитологов, гистологов, эмбриологов, которые до этой поры еще как-то могли заниматься нормальной наукой, если она не соприкасалась с вопросами генетики. Прежде всего огонь был направлен на тринадцать ученых, подписавших статью с уничтожающей критикой книги Лепешинской «Происхождение клеток из живого вещества и роль живого вещества в организме» (1945 г.). Статья под названием «Об одной ненаучной концепции» была опубликована в газете «Медицинский работник» от 7 июля 1948 г. (естественно, что после августовской сессии 1948 г. такая статья не могла бы увидеть свет). Лепешинская в то время основывала свое открытие возникновения клеток из живого вещества, лишенного клеточной структуры, на двух группах фактов. Используя в качестве объектов развивающиеся яйца курицы и севрюги, она описала превращение желточных шаров, якобы лишенных ядра, в эмбриональные клетки и в кровяные островки — зачатки кровеносных сосудов. Другим объектом служила растертая гидра, у которой, по мнению Лепешинской, после разрушения всех клеток из образовавшегося живого вешества вновь возникали клетки. Тем самым Лепешинская фактически призывала вернуться к воззрениям Шлейдена и Шванна, то есть к уровню науки 30-х годов прошлого столетия.
В статье тринадцати было показано, что выводы Лепешинской основаны на применении негодной методики, на элементарном непонимании того, что видно под микроскопом, из-за полной биологической безграмотности и сумбурного мышления. Дело в том, что желточные шары — это полноценные клетки, содержащие ядро и цитоплазму, загруженную желточными зернами, служащими материалом для развивающегося зародыша. Желточные зерна поначалу маскируют ядра, но по мере их потребления ядра становятся хорошо видимыми. Этот процесс Лепешинская истолковала как зарождение ядер в бесклеточном живом веществе. Кроме того, желточные шары, израсходовавшие желточные зерна, в дальнейшем погибают. Произвольно располагая эти стадии разрушения клеток в обратном порядке, Лепешинская выдавала этот процесс за возникновение клеток из бесструктурного живого вещества. Опыты с растертой гидрой никакой доказательной силы вообще не имели, так как при растирании мелкие клетки могли остаться целыми. Из своих изысканий Лепешинская сделала выводы для медицинской практики. Она заключила, что заживление ран происходит за счет новообразования клеток из «кровяной зернистости» и предлагала лечить раны путем прибавления к ним крови. Далее в статье тринадцати авторов было показано, как Лепешинская, пытаясь укрепить свои теоретические построения цитатами из Энгельса, превратно их толкует и игнорирует те высказывания Энгельса, которые явно противоречат ее утверждениям. В заключение статьи авторы пришли к такому выводу: «Выдавая совершенно изжитые и поэтому в научном отношении реакционные взгляды за передовые, революционные, Лепешинская вводит в заблуждение широкого читателя и дезориентирует учащуюся молодежь. Вопреки добрым намерениям автора, книга ее объективно могла бы только дискредитировать советскую науку, если бы авторитет последней не стоял так высоко. Ненаучная книга Лепешинской — досадное пятно в советской биологической литературе». Статью подписали: действительные члены АМН СССР Н. Хлопин, Д. Насонов, член-корреспондент АН СССР В. Догель, член-корреспондент АМН СССР П. Светлов, профессора Ю. Полянский, П. Макаров, Н. Гербильский, 3. Кацнельсон, Б. Токин, В. Александров, Ш. Галустьян, доктора наук А. Кнорре, В. Михайлов.
Совершенно очевидно, что Лепешинская и ее окружение, получив полное признание высоко стоящих инстанций, правительственных и партийных, не могли оставить безнаказанными авторов разоблачительной статьи. Требовалось заставить их принять учение о зарождении клеток из живого вещества или убрать их с научного поприща. Из тринадцати подписавших статью большинство были сотрудниками Института экспериментальной медицины АМН СССР в Ленинграде. В июне 1950 г. в Ленинград прибыли эмиссары Лепешинской — действительный член АМН СССР Н. Н. Жуков-Вережников и доктор биологических наук И. Н. Майский. На заседаниях Ученого совета Института экспериментальной медицины АМН СССР (21–23 июня) должны были выступить посланцы Лепешинской и подписавшие статью тринадцати, в первую очередь заведующие трех отделов Института: общей морфологии (в который входила руководимая мною лаборатория цитологии) — Д. Н. Насонов, экспериментальной гистологии — Н. Г. Хлопин и фитонцидов — Б. П. Токин. Перед собранием по поручению партбюро нас предупредили, что вопрос о сохранении или ликвидации отделов и лабораторий будет решаться в зависимости от того, как выступят авторы антилепешинской статьи, и прежде всего Насонов, Хлопин, Токин.