Все это приводило к вытеснению ученых с занимаемых ими постов и замещению их лысенковскими неучами или теми, кто счел для себя более выгодным перейти в лагерь мичуринской биологии, заключив сделку с собственной совестью. По мере разрастания лысенковской империи и захвата лысенковцами руководящих постов в исследовательских институтах, учебных заведениях, в партийных и советских органах, ведающих наукой, возможность сосуществования нормальной биологии с мичуринской все более сужалась. Все же отдельные ученые пытались защитить советскую биологию и сельское хозяйство и направляли в высокие инстанции донесения, где на основании фактов доказывали огромный вред, наносимый деятельностью Лысенко. Эти реляции оставались без ответа.
После окончания Великой Отечественной войны в сферу мичуринской биологии включилась группа О. Б. Лепешинской. Вооруженная фельдшерским образованием, О. Б. Лепешинская, начиная с середины 30-х годов выступа/та с публикациями, в которых сообщала об открытом ею способе образования клеток из бесструктурного живого вещества. Этим опровергалось утверждение крупнейшего немецкого патолога Р. Вирхова, сделанное им в 1855 г., о том, что клетка образуется только от клетки. Тезис Вирхова, принятый всеми биологами, Лепешинская объявила метафизическим, идеалистическим и почему-то несовместимым с принципом развития. В качестве своего духовного покровителя она избрала Ф. Энгельса, идеи которого в ее трудах искажались до неузнаваемости. На основании собственных исследований Лепешинская предлагала практические мероприятия: содовые ванны для борьбы со старостью и прибавление к ранам крови для ускорения их заживания.
К публикациям О. Б. Лепешинской ученые относились как к комическому вздору, и ее попытки издать написанную на эту тему монографию несколько раз отклонялись. Но вот в 1945 г. Лысенко протянул ей руку помощи. Монография Лепешинской «Происхождение клеток из живого вещества и роль живого вещества в организме» (объемом в 25 печатных листов) появляется в издательстве Академии наук СССР скромным тиражом 1 000 экземпляров, но с предисловием Лысенко, в котором, в частности, говорится: «Естественно, что для тех работников науки, которые еще не изжили в своем научном мышлении метафизических подходов, могут оказаться неприемлемыми не только теоретические предпосылки и выводы О. Б. Лепешинской, но они могут отрицать и достоверность фактической части ее работ, как не согласующуюся с их теоретическими взглядами. Для людей же науки, стоящих на позициях подлинной теории развития, теории диалектического материализма, фактический материал О. Б. Лепешинской, по моему глубокому убеждению, вполне приемлем». И далее, говоря о происхождении клеток из живого вещества, Лысенко пишет: «Это принципиально новое положение в биологической науке блестяще и показано О. Б. Лепешинской в ее тонких экспериментах».
Лысенко воспользовался «учением» О. Б. Лепешинской для объяснения своей теории зарождения одного вида «в теле» другого, и направление Лепешинской стало одним из важных разделов мичуринской биологии. Второе, дополненное, издание той книги выходит в 1950 г. уже тиражом 25 000 экземпляров. Если до включения Лепешинской в лагерь Лысенко борьба велась преимущественно с генетиками, эволюционистами и инакомыслящими практиками, то теперь мишенью стали также цитологи, гистологи, эмбриологи, микробиологи.
В период борьбы с фашистским нашествием было не до споров в биологии, но после того как фашизм был раздавлен, война Лысенко с наукой возобновилась. Нажим на представителей нормальной биологии и желание заполучить занимаемые ими места усилились. Этому способствовало еще и следующее немаловажное обстоятельство. В довоенное время труд ученых в исследовательских институтах и преподавателей в вузах по сравнению с другими профессиями оплачивался очень скромно. В науку большей частью шли лишь те, кто глубоко и бескорыстно интересовался исследовательской работой. В 1946 г. вышло постановление о коренном улучшении быта ученых, и в материальном отношении ученые оказались в привилегированном положении, а занимаемые ими места приобрели значительно больший соблазн. Усилилось стремление их занять и труднее стало с ними расставаться.
В первые послевоенные годы дела Лысенко шли не совсем гладко. В печать начали прорываться отдельные критические статьи. Так, в 1946 г. в журнале «Селекция и семеноводство» появилась статья П. М. Жуковского под названием «Дарвинизм в кривом зеркале», направленная против лысенковской теории эволюции. В этом же году, несмотря на протесты Лысенко, в члены-корреспонденты АН СССР избирается крупный представитель классической генетики Н. П. Дубинин. 4 ноября 1947 г. в Московском университете при большом стечении ученых и студентов была проведена дискуссия по поводу отрицания Лысенко внутривидовой борьбы за существование. С убедительной критикой позиции Лысенко выступили академик И. И. Шмальгаузен и профессора А. Н. Формозов и Д. А. Сабинин. Лысенковцы в этой дискуссии участия не приняли.
29 ноября 1947 г. появился номер «Литературной газеты» с уничтожающей критикой отрицания Лысенко внутривидовой борьбы за существование. Авторами статьи были Шмальгаузен, Формозов, Сабинин и Юдинцев. На той же странице была помещена статья группы лысенковцев с беспомощной попыткой доказать правоту своего шефа. С 3 по 8 февраля 1948 г. в МГУ проходила обширная конференция по проблемам дарвинизма, на которой выступило 40 докладчиков из разных городов и ведомств. На этой конференции не было ни одного докладчика из лагеря Лысенко. Работа конференции отражена в книжке тезисов, открывающейся докладом академика И. И. Шмальгаузена. Ни в одном из тезисов фамилия Лысенко не упомянута, большинство же из них по своему содержанию в корне противоречат передовому мичуринскому дарвинизму.