На августовской сессии вводный доклад Лысенко назывался «О положении в биологической науке», в действительности же речь шла лишь о мичуринской биологии, поскольку другая биология признавалась лженаучной. На Павловской сессии вводные доклады по названию касались лишь павловской физиологии и патофизиологии, но подразумевалось, что непавловская физиология и патофизиология не должны существовать. В этом было сходство обеих сессий. Вслед за докладами в дискуссии выступили 81 оратор из 209 записавшихся. Работа сессии вылилась в осуждение тех ученых, которые уклонились от павловского пути, тех руководителей, которые не обеспечили дальнейшее развитие павловских идей, тех, которые недооценивали приоритет Павлова в своей деятельности, тех, кто не давал должного отпора буржуазным физиологам, тех, кто стоял на ошибочных методологических позициях. Пожалуй, точнее всего главную задачу сессии (помимо организационной) выразил выступивший в прениях профессор А. В. Лебединский (он занял кафедру физиологии Военно-медицинской академии после ухода Л. А. Орбели), сказав, что она должна обеспечить «…полную ликвидацию отступления от генеральной, единственно правильной и плодотворной научной линии — павловской физиологии» (Научная сессия, посвященная проблемам физиологического учения академика И. П. Павлова. М., 1950. с. 320).
Основными мишенями были избраны академики Л. А. Орбели, И. С. Бериташвили, А. Д. Сперанский, профессора — П. К. Анохин, П. С. Купалов, сотрудники Орбели профессора А. Г. Гинецинский, А. В. Лебединский и некоторые другие. Тон был задан вводными докладами и поддержан подавляющим большинством выступавших. В спорах почти не фигурировали научные факты, экспериментальные данные. Выяснялось не значение исследований ученого для понимания физиологических процессов, а отношение его работ к павловскому учению, к диалектическому материализму, а в отдельных выступлениях — и к мичуринской биологии. А для этого важнее была сверка цитат, чем сопоставление научных данных с действительностью.
Особенно резким нападкам подверглись Орбели, Анохин и не присутствовавший на сессии Бериташвили. Конечно, атака на Орбели была обусловлена тем, что он занимал основные руководящие посты в области физиологии — он был директором Физиологического института им. И. П. Павлова АН СССР и Института эволюционной физиологии и патологии высшей нервной деятельности им. И. П. Павлова АМН СССР, начальником кафедры физиологии Военно-медицинской академии, заведующим отделом физиологии Естественнонаучного института им. П. Ф. Лесгафта, председателем Всесоюзного общества физиологов, биохимиков и фармакологов, главным редактором «Физиологического журнала СССР», председателем ряда комиссий. Вот почему главной целью организаторов сессии было обоснование необходимости смещения Орбели с занимаемых им постов.
Основной упрек к Орбели Быков сформулировал так: «…Л. А. Орбели и его школа занимались не столько разработкой павловского идейного наследства, сколько разработкой проблем, поставленных им самим» (с. 24). Особенно остро ставился вопрос о невнимании Орбели к изучению второй сигнальной системы, а ведь перед самой сессией вышел очередной «гениальный труд» товарища Сталина «Марксизм и вопросы языкознания». Проблема же языкознания непосредственно связана с человеческой речью — второй сигнальной системой. Тяжелые обвинения пришлось выслушать и Анохину от докладчиков и от выступавших в прениях. Его упрекали в уходе от Павлова, в искажении павловских идей, в тенденции «поправить» классическое учение Павлова теоретическими измышлениями зарубежных ученых (Быков). В действительности же слабым местом Анохина было то, что он занимал соблазнительный пост директора Института физиологии АМН СССР. Более сдержанной была критика в адрес Сперанского. Его обвиняли преимущественно в том, что он в своих трудах недооценивает роль головного мозга, мало цитирует Павлова и как бы претендует на оригинальность своей концепции о роли нервной системы в патологии. Резкому осуждению был подвергнут фундаментальный учебник «Основы физиологии человека и животных» А. Г. Гинецинского и А. В. Лебединского.
Главные обвиняемые вели себя по-разному.
Анохин признал все свои ошибки, которые ему инкриминировались, и еще несколько ошибок, которые его оппоненты просмотрели. Бросил упреки Бериташвили и Орбели, лестно отозвался о Быкове, связал учение Павлова с учением Мичурина-Лысенко и, как и подавляющее большинство выступавших, закончил свою покаянную речь хвалой Сталину.
П. С. Купалов (он заведовал павловским отделом в Институте экспериментальной медицины) отклонил все сделанные в его адрес упреки и позволил себе усомниться: «Я хочу спросить у такой высокой научной аудитории, перед которой я выступаю: неужели наш научный русский советский ум, неужели мы — преемники Павлова, Сеченова — утратили свое право на то, чтобы создавать новые научные термины и систематизировать новые, нами собираемые факты?» (с. 162). Ответа на свой вопрос Купалов не получил.
Особенно драматичными были выступления Орбели. Несомненно наиболее талантливый и активный из учеников И. П. Павлова, заслуженно пользовавшийся огромным научным и моральным авторитетом, глубочайшим уважением за ум и доброту, Л. А. Орбели вдруг оказался в положении обвиняемого в провале развития павловского учения. Эта клевета не могла не задеть его человеческое достоинство, что и отразилось в его первом выступлении на четвертом заседании сессии. Он начал с претензии по поводу того, что заранее не был оповещен о предъявляемых ему обвинениях. Далее, возражая Быкову и Иванову-Смоленскому, он дал объяснение своей научной деятельности и признал некоторые организационные ошибки. Выступление Орбели было расценено как крайне неудовлетворительное многими выступавшими на последующих заседаниях, в том числе и некоторыми сотрудниками, работавшими под его руководством. И вот на десятом заседании последним вторично берет слово Орбели. Тон его стал совершенно иным: «В результате неподготовленности и расстроенного настроения я совершенно неправильно использовал предоставленное мне время, потерял значительную часть его на ненужное изложение истории моего участия в разработке павловского учения, не дал ясной и полной картины хода работ руководимых мною институтов им. Павлова, допустил неуместный выпад в отношении своего уважаемого товарища академика Быкова» (с. 501–502). Затем в пяти пунктах Орбели перечислил допущенные им ошибки. Между первым и вторым его выступлением должно было произойти что-то существенное, что могло бы сломить гордость этого сильного человека.