Сперанский повинился в том, что мало ссылался на Павлова, признал свою вину за нечеткие формулировки и неудачные термины, упомянул Лысенко, но от общего направления своей работы не отступал и ни Орбели, ни Анохина не лягнул.
На последнем заседании Павловской сессии с заключительными словами выступили Быков, Иванов-Смоленский и президент АН СССР С. И. Вавилов. Сессия завершилась осуждениями разной сокрушительной силы провинившихся ученых и принятием обращения к товарищу И. В. Сталину, заканчивавшимся словами: «Да здравствует наш любимый учитель и вождь, слава всего трудящегося человечества, гордость и знамя передовой науки — великий Сталин!».
Сразу после этой «свободной дискуссии» последовали организационные выводы. Постановлением Президиумов АН СССР и АМН СССР Орбели был освобожден со всех занимаемых постов, Анохин снят с должности директора Института физиологии АМН СССР. На базе Института физиологии центральной нервной системы АМН СССР, Физиологического института им. И. П. Павлова АН СССР и Института эволюционной физиологии и патологии высшей нервной деятельности им. И. П. Павлова АМН СССР был создан единый Институт физиологии им. И. П. Павлова АН СССР, директором которого был назначен Быков. Иванов-Смоленский стал заместителем директора вновь созданного Института высшей нервной деятельности АН СССР. Были уволены многие научные сотрудники, работавшие под началом Орбели. Самый близкий его помощник, крупный ученый А. Г. Гинецинский должен был отправиться в Новосибирский медицинский институт. В соответствии с решениями сессии АН СССР и АМН СССР 1950 г. академик И. С. Бериташвили был отстранен от руководства Институтом физиологии АН Грузинской ССР и кафедрой физиологии Тбилисского университета и был вынужден прекратить исследовательскую работу. В Ростовском медицинском институте с заведования кафедрой физиологии был уволен крупный исследователь, действительный член АМН СССР Н. А. Рожанский.
При АН СССР был учрежден «Научный совет по проблемам физиологического учения академика И. П. Павлова» в составе 13 человек во главе с Быковым. Секретарем Совета стал Э. Ш. Айрапетьянц, один из самых рьяных организаторов всего быковского предприятия. В состав Совета Орбели, Сперанский, Анохин, конечно, не были включены.
В указанном постановлении Президиумов обеих академий читаем: «Академик Орбели занял нетерпимое монопольное положение в физиологии, что противоречит духу советской науки и мешает свободному ее развитию» (Вестник АН СССР. 1951. № 7. С. 117). (Это после учреждения диктатур Лысенко и Лепешинской!). Остается не совсем ясным, почему передача полной монополии в физиологии Быкову и его подручным должна была способствовать свободному ее развитию.
Во всяком случае, Быков, Иванов-Смоленский, Айрапетьянц и их подручные своей цели добились, а организованный ими Научный совет начал выполнять чисто инквизиторские функции, пресекая всякие отклонения от павловского учения и его «извращения». На сессиях Совета в течение нескольких лет не прекращалась форменная травля Орбели. Так, на VIII сессии Научного совета 27 декабря 1952 г. была принята резолюция, в которой после ряда выпадов против Орбели содержался призыв: «Научный совет рекомендует редакциям физиологических, медицинских, биологических и педагогических журналов систематически публиковать статьи, вскрывающие вред применения идеалистического субъективного метода, отстаиваемого Л. А. Орбели и другими».
Павловская сессия сказалась самым пагубным образом и на развитии физиологических исследований, и на преподавании физиологии в вузах и школах. Физиологии был придан крайне узкий односторонний характер. Вне поля зрения или под запретом оказался ряд важнейших физиологических проблем, в частности подкорковая деятельность, вегетативная нервная система, эволюционная и клеточная физиология, эндокринология и т. д. Был разогнан ряд плодотворно работавших коллективов, осквернено доброе имя великого И. П. Павлова.
В результате трех сессий советская биология почти целиком была «упорядочена» путем создания трех научных направлений, официально признанных, широко поощряемых и жестко охраняемых от инакомыслия. Лысенко, Лепешинская, Быков получили диктаторские полномочия руководить своими методологически «единственно правильными» учениями: мичуринской биологией, учением о живом веществе, павловской физиологией. Монолитность советской биологии подчеркивалась появлением термина «передовая мичуринско-павловская биология».
Такое насилие над свободным саморазвитием науки привело к трагическим последствиям и для науки, и для государства. Огромный материальный урон был нанесен принудительным проведением в широких масштабах практических мероприятий, насаждаемых Лысенко и его приспешниками в сельском хозяйстве. Лысенко внедрял их, исходя из своих совершенно ложных теоретических представлений, а иногда и без всякой теоретической мотивировки. Не меньший ущерб терпело сельское хозяйство от лысенковских запретов на использование действительно рациональных методов, которые, по его мнению, исходили из методологически ложных предпосылок классической генетики. Ярким примером может служить борьба Лысенко против применения гибридов самоопыленных линий кукурузы, которые широко использовались в США и повышали урожайность на 25–30 %. К 1956 г. они принесли США дополнительно 15 миллиардов пудов зерна. Лысенковцы расценивали этот метод как «фокусы» американских семеноводческих фирм, направленные на самообогащение, как порождение формально-генетической теории, развенчанное мичуринской биологией.