Помимо выводов закрытых комиссий и выступлений на открытой 6-й сессии АМН СССР появилось несколько разгромных статей против Бошьяна в печати. Наибольшее значение имели статьи В. Н. Ореховича. В 1950 г. Орехович в журнале «Вопросы медицинской химии» дает календарь «открытий» Бошьяна, из которого читателю становится ясно, что они были выполнены не в колбах и пробирках, а на бумаге, ибо за приводимые Бошьяном сроки данные работы не могли быть осуществлены. Далее Орехович показал полную безграмотность Бошьяна, который утверждал зарождение бактерий в растворах антибиотиков, явно не зная, что данные антибиотики вообще не являются белками. Л. Н. Заманский и П. Я. Сивер однозначно показали (Вопросы медицинской химии. 1952. Т 4), что кристаллы, в которые, по Бошьяну, превращаются бактерии и из которых вновь рождаются бактерии, имеют неорганическую природу. Эти кристаллы выпадают в питательной среде под действием продуктов обмена бактерий. То же показал Орехович во второй своей статье. В ответ на критику Ореховича Бошьян разразился пространной статьей в том же журнале (1952), содержащей невежественные вымыслы, прослоенные грубой бранью в адрес критиков.
Таким образом, уже в 1950 г. было показано, что «открытия» Бошьяна являются сплошной фикцией. Специалисту и вообще любому грамотному биологу это было совершенно очевидно до всяких проверок. После работ авторитетных комиссий, а также выступлений специалистов, и устных, и в печати, в 1950 г. это уже стало ясно каждому, но потребовалось еще четыре года и еще две комиссии, чтобы прекратить бессмысленную дорогостоящую деятельность Бошьяна. Все же в декабре 1953 г. 8-я сессия АМН СССР в свое постановление внесла следующий пункт: «В связи с отсутствием контроля со значительным опозданием была вскрыта бесперспективность работы лабораторий, руководимых Утенковым, Шкорбатовым, Глезером, Невядомским, Бошьяном». Прошло еще три месяца, и новый министр здравоохранения СССР М. Д. Ковригина направляет председателю Совета Министров Г. М. Маленкову письмо с просьбой разрешить ликвидировать лабораторию Бошьяна в НИИЭМ АМН СССР. 14 июля 1954 г. Ковригина издает приказ о ликвидации и рассекречивании лаборатории Бошьяна. Решением ВАКа он лишается степени доктора медицинских наук. После ликвидации этой лаборатории Бошьян нашел себе убежище в одном из ветеринарных учреждений.
Чем объяснить, что в «передовой советской биологии, противостоящей метафизической буржуазной науке», первой была прекращена деятельность Бошьяна? Ведь его учение о кристаллизации бактерий, о возникновении микробов из кристаллов, из лечебных сывороток и вакцин, из антибиотиков и т. д. не более абсурдно, чем проповедуемое О. Б. Лепешинской возникновение клеток высших организмов из кристаллов, из плазмы крови или других форм неклеточного «живого вещества». Бошьян, так же как и Лепешинская, отвергал одно из самых крупных достижений биологии прошлого века: доказанное Л. Пастером отсутствие в наше время самозарождения жизни из тел мертвой природы. Вместе с тем на той же 6-й сессии АМН СССР 1950 г., где ряд ученых резко критиковал Бошьяна, никто не подал голоса против выступившей Лепешинской. Более того, многие выступавшие, включая министра здравоохранения СССР Е. И. Смирнова, отмечали выдающееся значение ее работ, а в постановлении сессии было сказано: «Материалистические представления о развитии клеток, разработанные профессором О. Б. Лепешинской… составляют основу изучения проблем эмбриологии, гистологии, цитологии, микробиологии и вводят идею развития в область медицинской биологии» (Вестник АМН СССР. 1951. № 1. С. 23).
Дело в том, что Бошьян переоценил свои возможности и нарушил субординацию в сложившейся структуре мичуринской биологии. Ни в предисловии, ни во введении к книгам Бошьяна (1949, 1950) нет даже упоминания о мичуринской биологии или августовской сессии ВАСХНИЛ. В тексте находим лишь несколько блеклых ссылок на Лысенко и один-единственный раз упоминается фамилия Лепешинской, причем Бошьян скрыл, что ей принадлежит приоритет в «открытии» перехода клеток в кристаллы и обратно. По-видимому, Бошьян рассчитывал создать свой собственный бизнес, не идя под власть уже признанных лидеров мичуринской биологии. Тем самым он лишил себя защиты со стороны лысенковского стана.
Правоверный мичуринец С. Н. Муромцев опубликовал в 1951 г. статью (Журнал общей биологии. Т 12, № 3), в которой странным образом сочеталась резкая критика измышлений Бошьяна о превращении одного вида микробов в другой с признанием лысенковского порождения одних видов растений в недрах других (лещина в грабе, ель в сосне и т. д.). Признание ненаучным утверждения Бошьяна об обратимом превращении бактерий в кристаллы не мешало Муромцеву исповедовать новую клеточную теорию Лепешинской. Хотя по всем своим научным показателям Бошьян полностью вписывался в мичуринскую биологию, в лоно ее он не был принят. Лысенко в апреле 1956 г. на лекции в Одесском университете, отвечая на вопрос профессора И. И. Пузанова о его отношении к Бошьяну, сказал, что он Бошьяна вообще никогда не поминал.
В отличие от Лысенко и Лепешинской Бошьян не получил благословения Сталина. Сокрушая великого Пастера, он не мог опереться на авторитет какого-либо канонизированного ученого. В деятельности Бошьяна был еще один крупный изъян, помешавший ему задержаться на вершине славы. Его псевдонаучные изыскания в сущности не сулили каких-либо практически полезных результатов. Его утверждения, что микробов не убить ни автоклавированием, ни антисептиками, что микробы зарождаются в лечебных и профилактических сыворотках и вакцинах, что одни виды микробов могут превращаться в другие, делали очевидным для медиков, к каким страшным последствиям в практической медицине могло бы привести принятие фантастических измышлений Бошьяна. Кроме всего, он не был огражден от критиков достаточно высоким цензурным забором.